Det är upp till Zelda och hennes visdom att rädda kungariket Hyrule i en helt ny berättelse i The Legend of Zelda-serien. Folket i Hyrule försvinner i märkliga sprickor som har dykt upp, och en viss svärdsman är en av de saknade. Slå dig ihop med den mystiska fen Tri och använd kraften i Tri Rod för att skapa så kallade ekon, imitationer av saker som finns i omgivningen. Återskapa sedan dessa ekon när du vill för att lösa pussel och besegra fiender. Använd ekon av vattenblock för att nå nya höjder, bygg broar av gamla sängar, kasta stenar på fiender eller hitta din egen kreativa kombination av ekon för att göra saker på ditt sätt. Du kan till och med skapa ekon av monster som du kan ha vid din sida i striderna. Följ med Zelda i hennes strävan att rädda Hyrule.