I en avlägsen framtid lever mänskligheten inte längre på jorden. Orsakerna till mänsklighetens försvinnande (eller undergång) är okända, men när mänskligheten är borta är en annan intelligent art redo att fylla det tomrum som uppstått.

Under otaliga generationer utvecklades en art av honungsbin för att fylla tomrummet. De blev större, intelligentare och utvecklades till ett mycket avancerat samhälle. De kallade sig Mellifera och gjorde viktiga tekniska framsteg som överträffade dem som utvunnits ur mänsklighetens kvarlevor, och gjorde till och med rymdresor möjliga.

I spelet Apiary kontrollerar varje spelare en av 20 unika faktioner. Din faktion börjar spelet med en bikupa, lite resurser och arbetsbin. Det är upp till dig att placera ut arbetsbina och bygga kupan: utforska planeten, samla resurser, utveckla teknik och skapa skulpturer som visar din fraktions styrka (mätt i segerpoäng). Men med hotande oroligheter kanske du bara hinner ta några steg innan dina arbetsbin går i ide! Kan ni överleva?