Invisible War utspelar sig 20 år efter Deus Ex - år 2072. 20 år tidigare inträffade en mystisk global krasch som totalt förstörde det globala nätverket, ekonomin och religioner. Denna krasch är känd som Den Stora Kollapsen.

WTO (World Trade Organization) leds av ordförande Chad Dumier, och är en kapitalistisk organisation som håller koll på världshandeln och uppmuntrar en ny global marknad, precis som den var innan Kollapsen. Eftersom många finansiella institutioner gick under vid Kollapsen har nu WTO den finansiella makten i världen.

Världskyrkan är en ny global religion som har ersatt ruinerna av dåtidens globala religioner. Den leds av Nicolette DuClare - känd som Hennes Höghet bland dyrkare, men även sedd som en profet på grund av alla texter hon skrivit.

Det finns även en ny internationell svart marknad, mestandelens styrd av Omar - en grupp ryska forskare som har gått så långt in i teknologin att de nästan blivit en ny livsform.

Ur askan reser sig även Tarsus Academy. På utsidan är Tarsus ett företag som tränar personal som sedan blir hyrd av andra företag - främst till säkerhetsvakter och övervakning. Men en dag förstörs hela Chicago på mindre än 30 minuter genom någon form av nano-detonator. Attacken var riktad mot Tarsus, det vet personalen - men vem utförde attacken, och varför? Vad döljer Tarsus Academy egentligen?

I Invisible War spelar man som Alex Denton - man kan välja om karaktären skall vara man eller kvinna, men det spelar ingen roll vilket man väljer. Till skillnad från första spelet finns nu mindre av RPG-sidan och mer av FPS. Det finns inga skill-points, man kan ha högst 6 biomods - men valfriheten är i sig större. Genom spelets gång får man välja vilken sida man ska stödja - kyrkan, WTO eller Tarsus - men ju längre spelet går, desto fler och olika val får man.