Världen är i krig över den största kraftkällan i världen, Grand Crystal. Spelarna måste banda samman för att bilda en elitgrupp av Explorers, som ger sig ut för att samla delar av Grand Crystal för att ge energi till planeten medan de slåss mot horder av monster.

Final Fantasy Explorers fokuserar på samarbete med vänner och använder ett raffinerat partysystem som gör det möjligt för Explorers att bemästra över 20 jobb. Varje jobb erbjuder unika sätt att besegra eller till och med rekrytera världens mäktigaste monster. Spelare kommer ha möjlighet att kalla på krafterna hos eidolons som Ifrit och Bahamut, samt att omvandlas till legendariska karaktärer från Final Fantasy-serien via Trance-förmågan. Multiplayer-funktionalitet aktiveras via Nintendo 3DS trådlösa kommunikation.