I det första Inazuma Eleven vann tonårsmålvakten Mark Evans och hans lag Football Frontier-turneringen, men i uppföljaren får de utmaning från yttre rymden! Utomjordingarna, som härstammar från den mystiska Alius Academy, bryr sig inte om begreppet Fair Play utan tänker använda fotbollen för att förstöra hela världen! Detta kan förstås inte Mark och hans vänner tillåta, utan ger sig av på en oförglömlig resa genom Japan för att rekrytera de allra bästa spelarna till lagen så att de har en chans att slå inkräktarna.

Inazuma Eleven 2: Blizzard tar inte sig självt på stort allvar. Visserligen gäller de riktiga fotbollsreglerna under matcher, men det finns också galna special-moves som påminner om dem i Mario Strikers Charged Football. Spelet använder sig förstås inte heller av riktiga namn och klubbar utan allt är påhittat av utvecklarna Level-5. Inazuma Eleven 2: Blizzard är helt enkelt lite roligare fotboll!