De huvudsakliga spelsätten i Warped består, precis som dem tidigare spelen i Crash Bandicootserien, av två varianter. Dels ett centralrum (vilket förekom i tvåan) och dels banorna (som fanns med i ettan). I detta spel kallas centralrummet för the Time Twister (tidsförvrängaren) och är uppdelad i fem områden. Varje område innehåller fem banor och en bosskamp. I början är enbart ett område tillgängligt i centralrummet, men ju fler banor som blir avklarade, desto fler banor blir tillgängliga. De banor Crash medverkar i liknar till stor del dem i föregående spel. Miljöerna är något annorlunda, men deras uppbyggnad är den samma. Spelaren kan inte gå någon annanstans än längs den utstakade vägen. Det har dock tillkommit några nya element, bland annat vattenskidåkning, åka en motorcykel och rida på en tiger. En annan ny finess är att Crash kan skaffa sig nya förmågor genom att besegra en boss. Några av de här förmågorna är bland annat att kunna springa snabbare, en längre snurrattack och ett raketgevär. När Warped kom ut var PlayStations kontroll, DualShock, alldeles ny och det tog spelet stor fasta på då Warped använde sig väldigt flitigt av dess vibrationseffekter.

Spelet innehåller sammanlagt 30 banor bortsett från bossarna och två särskilda banor med olika ingångar. Det finns en hemlig bana vid namn Hot Coco vilken innehåller en kvarleva samt en ädelsten. Spelaren kan endast få tag i den via banan Road Crash. Eggipus Rex innehåller även den en kvarleva och en ädelsten och finns tillgänglig via banan Dino Might!. Inte någon av dessa krävs för att få 100 procent men samlar spelaren ihop alla ädelstenar och kvarlevor går det att komma upp i 104 procent. För 105 procent är spelaren tvungen att även skaffa alla guld- eller platinumkvarlevor. På så sätt kan Crash, i tidsförvrängaren, få en extra ädelsten av Coco.

Om bossbanorna utesluts, innehåller varje bana; en kristall, en kvarleva och en eller två ädelstenar. De hemliga banorna har inga kristaller. För att kunna vinna spelet är det nödvändigt att skaffa sig alla 25 kristaller. Kristaller är lätta att hitta då de oftast finns i slutet av varje bana. Det finns 30 kvarlevor i spelet och de utdelas när de olika tidsförsöken blir avklarade. Spelaren tilldelas ädelstenar då alla lådor på varje bana har tillintetgjorts. Vissa banor innehåller färgade ädelstenar och dessa får spelaren när ett hemligt område på en bana avklaras. Det finns en handfull mängd banor med ädelstenar och dessa kan fås genom att exempelvis vinna ett lopp. För att klara spelet med 100 procent måste spelaren få tag i alla ädelstenar, totalt 45 stycken.