Under tiden som Mega Man och Dr. Wily slogs mot varandra började Dr. Light arbeta på ett nytt projekt. Ett projekt som han kallade för X, en ny avancerad version av Mega Man. Dr. Light kände att världen i framtiden skulle behöva en beskyddare som hade kapacitet att efterträda Mega Man. Men när han närmade sig slutet av projektet började han fundera över alla de faror som X förmodligen skulle bära med sig, och när projektet väl var klart valde han att söva ner X i en kapsel på obestämd tid. Med tanke på att den gode professorn nu började bli till åren valde han också att lämna ett meddelande med kapsel till den som valde att öppna den, ut i fall att han inte skulle vara i livet då detta inträffade.