Pikmin 3 handlar om de små karaktärerna Alph, Brittany och kapten Charlie som gett sig ut på jakt efter mat, eftersom det råder svält på deras hemplanet. De kraschlandar på en okänd planet som både har fientliga (alla fiender) och vänligt inställda varelser (Pikmin). Det är dessa tre karaktärer du kontrollerar i spelet, och de kan i sin tur ge order åt Pikmin eftersom de själva är tämligen försvarslösa!