I det här Pokémon-spelet får du själv känna på hur det är att vara en Pokémon! I början av spelet får du svara på några frågor av den enklare sorten, och när det är klart vet spelet vilken Pokémon som du har mest gemensamt med! Vilken Pokémon kommer du att bli?

Spelet går ut på att utföra olika uppdrag, och skiljer sig därför markant från de vanliga Pokémon-spelen, där man besegrar gymledare och fångar nya Pokémon. Uppdragen utspelar sig allt som oftast i linjära grottor, där man till exempel ska hitta ett visst föremål eller rädda en annan Pokémon.

Striderna utspelar sig direkt på samma skärm som man vandrar omkring på, det är alltså inte som i de vanliga Pokémon-spelen där perspektivet ändras och man dras in i en speciell stridsskärm.

Skillnaden mellan Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Time och Pokémon Mystery Dungeon: Explorers of Darkness är att vissa föremål samt Pokémon endast förekommer i den ena versionen, och inte den andra. Den gamla vanliga visan, alltså. På tal om Pokémon så dyker många Pokémon från Pokémon Diamond Version och Pokémon Pearl Version upp här, vilket får spelet att kännas fräscht.