När Pokémon Crystal Version släpptes till Game Boy Color introducerades många nya och spännande element till Pokémon-serien. Som en expanderad version av Pokémon Gold Version och Pokémon Silver Version var detta det första Pokémon-spelet där det var möjligt att välja mellan att spela som kille eller tjej. Detta var också det första spelet med animationer under Pokémon-striderna.

I den här versionen av spelet kommer du också ha möjlighet att stöta på den mytiska Celebi efter att du klarat av spelet. I originalversionen av spelet var detta bara möjligt genom att använda ett speciellt tillbehör.